Актуальность
Необходимость выполнить сравнение-объединение правил обмена XDTO возникает в ситуации, когда правила дорабатывали в Конвертации данных, ред.3. В этом случае после редактирования правила помещали в конфигурацию 1С в расширение в новый общий модуль менеджера обмена. Этот менеджер обмена подключили в расширении вместо типового модуля с помощью переопределения процедуры ПриПолученииДоступныхВерсийФормата общего модуля ОбменДаннымиПереопределяемый:

Как видно на скриншоте, в этом случае есть возможность для отдельных версий формата (на скриншоте - 1.7) оставить типовой менеджер модуля, а для необходимых указать использовать доработанного менеджера обмена.
Обновление релиза 1С
При обновлении релиза конфигурации 1С в общем модуле менеджера обмена, как правило, появляется большое количество мелких изменений. Их было бы несложно внести в собственную версию менеджера обмена. Или, если своих правок совсем немного, взять за основу типовую версию менеджера обмена и повторно внести в нее свои правки. То есть ситуация точно такая же, как при обновлении нетиповых конфигураций 1С.
Однако если мы попытаемся выполнить такое сравнение-объединение, то обнаружим, что система видит огромное количество отличий:

Как правило, отличия - это различные технические сообщения и комментарии. Они не сохраняются при загрузке правила в Конвертацию данных 3.
Выход из ситуации
Кратко
Загрузить менеджер обмена из нового релиза 1С в КД 3, сразу же его выгрузить и после этого выполнить сравнение со своей версией менеджера обмена.
Подробно
Предлагаем проделать следующие действия:
- Сохранить текущую версию расширения с доработками в файл на диске.
- Скопировать общий модуль менеджера обмена из конфигурации 1С нового релиза в буфер обмена.
- Загрузить в отдельную конвертацию в 1С:Конвертацию данных 3. При этом необходимо следить за версией формата. Должны совпадать максимальная версия в конфигурации 1С и загруженная в КД 3.
- Сохранить конвертацию в буфер обмена.
- Код поместить в общий модуль в расширении и сохранить изменения.
- Выполнить сравнение и объединение с расширением, ранее сохраненным в файл на диске в п.1.
Какая версия конвертации главная?
Какая из конвертация должна быть главной - типовой модуль менеджера обмена из 1С или модуль из прошлого релиза со своими доработками?
Выбирать нужно в зависимости от количества своих доработок. Обычно за основу все-таки выбирают типовой модуль и в него вносят свои корректировки. Они должны быть выделены комментариями, поэтому найти их все не составит труда.